Među najznačajnije faktore ugrožavanja spada preoravanje i kultivisanje za potrebe poljoprivrene prirodnih travnatih staništa: livada i pašnjaka, naročito na obodu Velike Rusande. Na tom mikrolokalitetu uzurpacija slatinskih livada je veoma intenzivna, budući da se oranje odvija gotovo do linije vode. Kvalitet terestričnih staništa takođe se značajno pogoršava kao posledice napredujuće eutrofikacije, takođe kao posledica upotrebe pesticida u neposrednoj blizini. Može se reći da je jedina dokazana izumrla gnezdarica, morski žalar, upravo prestao da se gnezdi jer je zarastanjem nestalo njegovo gnezdeće stanište: povremeno ogonjene površine stvrdnutog mulja sa slatinskom vegetacijom u blizini vode. Staništa zaslanjenih livada ne mogu da budu površine za pošumljavanje niti sađenje žbunja, kako se to, na prostoru Rusande, često smatralo u prošlosti. Travna vegetacija i ptice vezane za nju takođe su ugrožene povremenom prepašom, trasiranjem novih poljskih puteva koje koristi teška mehanizacija, otvaranjem kopova i otvaranjem ilegalnih smetlišta, naročito u blizini nasenja. Poseban problem mogu predstavljati psi i mačke lutalice u blizini naselja zbog velikog pritiska na ptice gnezdarice.
Trasiranje i kopanje meliorativnih kanala može da dovede do promene režima površinskih i podzemnih voda na lokalitetu Mala Rusanda i Trijangla.
Uznemiravanje ptica prisustvom ljudi i ljudskim aktivnostima značajno je, budući da područje Rusande ima veoma dugačku kontaktnu liniju sa okolnim staništima, u velikoj meri oranicama. Na sličan način negativno deluje ili može da deluje okupljanje velikog broja ljudi, nekontrolisani turizam i održavanje javnih manifestacija, posebno u periodu kada su ptice, zbog reprodukcije, kritičnbo osetljive.
U bliskoj prošlosti postojali su planovi potpuno promene hidrološkog režima jezera Rusanda, koji bi imali za posledicu njegovo raslanjivanje, pregrađivanje i isušivanje. Takve pretnje, koje bi ugrozile osnovne karakteristike ovog slanog jezera, potrebno je u potpunosti otkloniti. Upotreba hemijskih sredstava na područjima sa ovako velikim koncentracijama ptica i u njihovoj neposrednoj blizini, posebno tokom seobe, ima veoma negativan uticaj i može dovesti do masovnog pomora.
